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技术中心：是三金药业的技术管理和新产品研究开发的机构。经过几年的发展与完善,三金药业技术中心已经成为包括新药开发和产业化研究两大平台以及相关职能管理部门，功能配套体系完备、结构合理、设施先进的现代化企业技术中心。技术中心在企业负责人的直接领导下，开发了以三金牌西瓜霜系列和三金片系列两大中药品牌。西瓜霜系列产品被国家质量检验检疫总局列为原产地标记保护品种。2001年12月，经国家经贸委和中科院企业技术评价中心严格的资格审查，三金药业技术中心被正式认定为国家级企业技术中心。同年被国家人事部授权建立企业博士后科研工作站。技术中心下设中心办公室、生产技术处和药物研究所三个职能机构。
药物研究所：由药物筛选研究中心、天然药物研究中心、现代中药新药研究中心、制剂研究中心等组成。多学科人员，专业门类齐全，拥有较强的技术力量，在技术创新上拥有丰富的经验和较强的开发能力。
药物研究所的功能是:1、应用现代技术手段，结合传统中医药理论，立足于广西中草药资源，开发具有自主知识产权的现代中药新药。2、对公司老产品进行二次创新。通过对老产品工艺改进和质量标准提高的再研究，提高老产品技术含量和市场竞争力。3、对上市品种进行基础研究，为市场提供技术支持。4、致力于中药有效成分提取、分离、定性、定量等研究，开发具有自主知识产权的天然药物。5、开展新工艺、新剂型研究。6、开展药物筛选，为新药开发提供实验依据，为新药研究指出方向。7、开展广西特色中药资源研究，指导GAP基地建设。
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投资3500万元的新科研大楼可以从事片剂、胶囊剂、散剂、丸剂、颗粒剂、滴丸剂、栓剂、注射剂、软胶囊剂等制剂研究；有超临界萃取、大孔树脂分离、膜分离、冷冻干燥、超声提取、超细（气流）粉碎等工艺技术研究；拥有的先进检测仪器有：美国WATERS高效液相色谱仪、SP高效液相色谱仪、惠谱（HP）和美国PE气相色谱仪、卡玛SCANNER3薄层扫描仪、PE原子吸收分光光度仪等。
公司为了取得长久竞争优势，确定了企业中长期规划和企业发展战略，中长期规划是：建立国内领先、国际一流的中药、天然药为主的生产企业；发展战略为：坚持以中医药理论为指导，现代科学技术为手段，广西丰富的中草药和壮族少数民族医药资源为依托，开发安全、有效、质量可控、市场空白或紧缺、有三金特色的有独立知识产权的现代中成药。在企业中长期规划的基础上，制定科技与经济结合的创新发展计划，形成了三金“四维”梯队科技开发战略，新产品研发形成“生产一批，贮备一批，研制一批，构思一批”的良性循环；老产品开发形成“产一代，拿一代，研一代，想一代”格局；生产开发呈现“播一批种，选一批苗，育一批材”的态势，技术开发形成传统技术、一般技术、先进的高新技术相结合的多层次结构。技术中心还就当前国内外形势和企业本身状况，不断地完善企业技术创新战略，提出技术创新战略是以中药、天然药的研究开发为技术创新的主要方向，以生物药、功能保健食品、日化用品等为辅助创新方向，以技术中心为平台，从基础技术工艺到产品创新，不断提高企业的原创力和科技含量，最终提高企业的核心竞争力。
